3 與農(nóng)家肥：
區(qū)別：
1）生物有機肥完全腐熟，蟲卵率達到95%以上；農(nóng)家肥堆放簡單，蟲卵率低。
2）生物有機肥無臭；農(nóng)家肥有惡臭。
3）生物有機肥施用方便，均勻；農(nóng)家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4 與生物菌肥：
區(qū)別：
1）生物有機肥價格便宜，每噸在千元左右；生物菌劑價格昂貴，每噸幾千元。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質(zhì)，能改良土壤促進被土壤固定養(yǎng)分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3）生物有機肥的有機質(zhì)本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境。

注意事項編輯
雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養(yǎng)分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術(shù)的不斷發(fā)展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養(yǎng)技術(shù)，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產(chǎn)出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質(zhì)、減少環(huán)境污染、增肥增效等。
有機農(nóng)業(yè)中使用的有機肥需經(jīng)過有機認證機構(gòu)的認證，符合產(chǎn)品的生產(chǎn)標準。近些年來，我國各種生物肥料發(fā)展迅速，年產(chǎn)量達數(shù)十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產(chǎn)效果明顯和為主要特點，它的生產(chǎn)、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農(nóng)作物產(chǎn)量，改善農(nóng)作物品質(zhì)和切實推行農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展都有積極意義。 針對生物肥料在生產(chǎn)、產(chǎn)品質(zhì)量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農(nóng)業(yè)大學高勇生教授，旨在提高農(nóng)村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發(fā)展。

處理方法編輯
有機肥料無害化處理的堆、漚方法也很多，如EM堆腐法、自制發(fā)酵催熟堆腐法和工廠化無害化處理等。 [2]
EM堆腐法
EM是一種好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合、放線菌、酵母菌和菌等組成，在農(nóng)業(yè)和環(huán)保上有廣泛的用途。它具有除臭、殺蟲、殺菌、凈化環(huán)境和促進植物生長等多種功能。用它處理人、畜糞便作堆肥，可以起到無害化作用。其具體方法如下：
　?。?）購買EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或紅糖20--40克、M酪100毫升、燒酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成備用液。
　?。?）將人、畜糞便風干至含水量為30%~40%。
　?。?）取稻草、玉米稈和青草等，切成長1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均勻，作堆肥時的膨松物。
　?。?）將稻草等膨松物與糞便按重量10：100混合攪拌均勻，并在水泥地上鋪成長約6米、寬約1、5米、厚20~30厘米的肥堆。
　　（5）在肥堆上薄薄地撒上一層米糠或麥麩等物，然后再灑上EM備用液，每1000千克肥料灑1000~1500毫升。
　?。?）按同樣的方法，在上面再鋪第二層。每一堆肥料鋪3-5層后，上面蓋好塑料薄膜發(fā)酵。當肥料堆內(nèi)溫度升到45℃～50℃時翻動一次。一般要翻動3～4次才能完成。完成后，一般肥料中長有許多白色的霉毛，并有一種特別的香味，這時就可以施用。一般夏天要7～15天才能處理好，春天要15~25天，冬天則更長。肥料中水分過多會使堆肥失敗，產(chǎn)生惡臭味。各地要根據(jù)具體條件，反復試驗、摸索才行。